Der eindrucksvolle, 22m breite und 24m lange, achteckige Gottesdienstraum wird von einem breiten Mittel- und vier Seitengängen in vier übersichtliche Bankgruppen aufgegliedert, die zum Altar und auf die Kreuzigungsgruppe hinführen.
Der Altar, bestehend aus Muschelkalkkernstein, ist schlicht gehalten und enthält Reliquien des hl. Wolfgang, des Patrons der Diözese Regensburg. Die Kreuzigungsgruppe wurde von Christine Stadler geschaffen. Durch die lebensgroße Darstellung des Gekreuzigten mit seinen weit ausgespannten Armen wird zugleich das Kreuz symbolisiert, so dass die Kreuzesbalken überflüssig werden. Eine besondere Wirkung bekommt der Kircheninnenraum durch die bunten Glasfenster, die von dem bekannten Künstler Pfarrer Sieger Köder aus Ellwangen entworfen und bemalt wurden. Sie zeigen in anschaulicher Weise „den Weg Gottes mit den Menschen" auf. Dabei künden die Fenster auf der rechten Seite von der Verheißung Gottes im Alten Testament und die entsprechenden auf der linken Seite vom Wirken Gottes in der Welt und an uns Menschen.
Jedes Fenster ist entsprechend einem biblischen Text gestaltet, der zum Betrachten und Meditieren einladen möchte (siehe Kirchenführer). So behandelt das nebenstehende Fenster z.B. das Thema „Gott kümmert sich um die Seinen und stärkt sie auf ihrem Lebensweg" aus „Psalm 23" (der gute Hirte). Alle Fenster haben aufsteigend von unten nach oben dieselbe Farbgestaltung (grau - grün - blau bzw. rot) und weisen spitzauslaufend auf die verglaste Kuppel hin, die den Blick „zum Himmel" frei gibt. So wird angedeutet, dass wir aus dem „Grau des Alltags" durch das „Grün der Hoffnung", das „Blau des Glaubens" und das „Rot der Liebe" empor geführt werden zu dem, der in der Glückseligkeit des Himmels alles vollendet.
Die Orgel, die von Johannes Schädler gebaut wurde, verfügt über 14 Register und 932 Orgelpfeifen. Sie zeichnet sich durch eine herrliche Klangvielfalt und ein beachtliches Klangvolumen aus und wird damit auch höheren Ansprüchen der Orgelliteratur gerecht. Die Johanneskirche, die auch von Gehbehinderten mühelos über den stufenlosen Fußweg erreicht werden kann, soll alle Besucher einladen, mit Gott in ein ganz persönliches, vertrauensvolles Gespräch einzutreten.
Weitere Ansichten der Innenausstattung von St. Johannes: